农业生物环境与能源工程学科于2011年获得硕士学位授予权。本学科在农业水土环境污染机理及其防治技术、污染物在SPAC系统中的迁移转化规律、劣质水灌溉对水土环境及生物因子的生态效应分析、设施农业与生物环境控制：设施栽培条件下节水灌溉的模式及水肥耦合效应，设施栽培作物节水高产优质的机理等方向已形成特色。目前，本学科有教师10名，省部级人才称号2名，教授4名，副教授3名。本学科研究成果将为农业可持续发展提供扎实的理论依据和技术支持。